Le pape François a créé une commission cardinalice chargée d'apporter une "solution consensuelle et définitive" à la question houleuse de l'université 'rebelle' du Pérou, à laquelle le Saint-Siège a retiré ses qualificatifs de "pontificale" et de "catholique". L'établissement a indiqué le 28 avril 2014 avoir reçu cette notification de la nonciature apostolique à Lima, alors que ce cas continue de susciter la controverse au sein de l'Eglise locale, sur fond de litige entre l'université et l'archevêché.

Le conflit oppose l'Université pontificale catholique du Pérou (PUCP), qui continue d'utiliser ce nom malgré le retrait de ces appellations par le Vatican, et l'archevêque de Lima, le cardinal Juan Luis Cipriani. Selon le communiqué, la commission cardinalice sera coordonnée par le cardinal Peter Erdö, archevêque de Budapest (Hongrie), et composée des cardinaux Gérald Cyprien Lacroix, archevêque de Québec (Canada), et Ricardo Ezzati Andrello, archevêque de Santiago du Chili, tous deux élevés à la dignité cardinalice lors du premier consistoire du pape François, le 22 février dernier.
Depuis 2012, les professeurs de l'ancienne PUCP ne sont plus habilités à enseigner la théologie catholique. Depuis la publication de cette décision, la polémique n'a cessé d'enfler et le conflit public s'est intensifié. En réalité, ce litige comprend aussi bien une dimension civile que canonique. A partir de 1990, l'Université a été invitée à plusieurs reprises par le Saint-Siège à conformer ses statuts à la constitution apostolique Ex Corde Ecclesiae sur les établissements catholiques. De leur côté, les responsables de l'établissement affirment que l'ancienne PUCP est déjà conforme à ces statuts. Le point le plus délicat concerne notamment la gestion des biens de l'Université, le contrôle patrimonial étant revendiqué par l'archevêché.