Avec frère Max, ils seront invités à suivre les différentes sessions du concile Vatican II. Lors de la première, ce fut Pacem in terris, un document limpide écrit en un langage accessible que le pape, préoccupé de prononcer une parole pour tous, prit la décision en une nuit de publier. Puis ce fut la mort de Jean XXIII et la 2e session avec Paul VI. Apparaissent alors chez frère Roger des sentiments un peu perplexes... les évêques passent trop de temps à parler de questions internes à l'Eglise. On entend des échos pessimistes sur le travail du concile et certains sont déçus. Troisième session : frère Roger se rend compte que le chemin vers l'unité des chrétiens séparés sera beaucoup plus long qu'il ne l'avait pensé et qu'une des forces de l'œcuménisme passera par le monde des pauvres. Quatrième session : frère Roger multiplie à Rome contacts, rencontres, conférences, invite un cardinal et vingt évêques latino-américains à venir avec lui à Taizé, pour retrouver soixante jeunes latinos étudiant en Europe.
Dans le chapitre intitulé Troisième voie, il confie à travers certaines pages de son journal, ses questionnements et ses larmes intérieures, à la suite de confidences de jeunes : sévérité des aînés... indifférence, violence, soif de libération. Alors, il se répète : « Nous sommes en période d'enfantement et l'homme, qui ne supporte pas le vide, remplace le sacré aboli par des cérémonies, des inaugurations, des décorations, des drapeaux... » Dans le chapitre Cela est dépassé, il confie ses questionnements, ses échanges avec de nombreux visiteurs qui exposent leurs doutes face à l'œcuménisme. Comment voir l'avenir après tant de siècles de séparations ? Enfin, dans Traversés d'espérance, il voit, malgré la confrontation, l'Eglise de demain qui se prépare, un printemps... Et pourtant à certains moments, il a l'impression que les puissances d'un monde de ténèbres ne veulent pas de l'unité entre chrétiens. Dans les pages de son journal, on rencontre un homme d'une immense humilité « à chaque jour un combat nouveau... » et cet homme nous touche au plus profond de nous-mêmes.
